El sorteo, tal y como consta en las bases de la competición, se ha confeccionado tomando a los cuatro primeros clasificados al término de la primera vuelta como cabezas de serie (Ciudad Ros Casares, Perfumerías Avenida, Arranz Jopisa Burgos y Hondarribia Irún).
El sorteo ha contado con la presencia de Elvira Andrés, secretaria general de la FEB; Mercedes Iborra, coordinadora del área de competiciones; David Aurich, responsable del área de eventos; Leila Abrines, delegada del Rivas Futura; Angel Amigo, vicepresidente del EBE Promociones PDV y Alberto Codeso, entrenador ayudante del Ciudad Ros Casares. Una vez realizado el sorteo el azar ha deparado los siguientes emparejamientos y calendario:
CUARTOS DE FINAL - 5 de Enero de 2007
(1) 12:00 CIUDAD ROS CASARES/ EXTRUGASA
(2) 16:00 PERFUMERIAS AVENIDA / RIVAS FUTURA
(3) 18:00 HONDARRIBIA IRUN / UNIV. F.C. BARCELONA
(4) 20:00 ARRANZ JOPISA BURGOS / EBE PROMOCIONES PDV STA EULALIA
SEMIFINALES - 6 de Enero de 2007
(5) 18:00 (Teledeporte) VENCEDOR ELIMINATORIA (1) / VENCEDOR ELIMINATORIA (3)
(6) 20:00 (Teledeporte) VENCEDOR ELIMINATORIA (2) / VENCEDOR ELIMINATORIA (4)
FINAL - 7 de Enero de 2007
(7) 17:30 (La2) VENCEDOR SEMIFINAL (5) / VENCEDOR SEMIFINAL (6)
La Copa de la Reina será ofrecida en directo a través de los distintos canales de Televisión Española. Esta previsto que las semifinales se ofrezcan a través del canal temático Teledeporte en horarios de 18:00 y 20:00 horas. La final (17:30 h.) será emitida por La2.
Los partidos se disputarán en el Pabellón Municipal de los Deportes de Chapín con capacidad para albergar a 6.500 espectadores.